Pelaksanaan asimilasi pada LAPAS Kelas II A Yogyakarta dilaksanakan dengan bentuk-bentuk yang berbeda, akan tetapi teap mengarahkan kepada tujuan asimilasi. Pada LAPAS Kelas II A Yogyakarta hanya dikenal asimilasi keluar yang dalam pelaksanaannya hanya terbatas pada pekerjaan yang memungkinkan narapidana masih berada disekitar lingkungan LAPAS. Asimilasi keluar dengan bekerja pada pihak ketiga tidak lagi dilakukan dengan alasan bahwa tingkat keamanan atas resiko narapidana melakukan tindak pidana lainnya hingga melarikan diri sangat tinggi.