Penelitian bertujuan untuk mengetahui perbedaan karakterisasi nodul akar dan karakteristik isolat bakteri R. japonicum indigenous dari nodul akar kedelai lokal varietas Wilis dan varietas Introduksi Edamame. Penelitian eksperimen yang menggunakan metode Deskriptif, meliputi 3 tahap yaitu (1) penanaman kedelai untuk diamati karakterisasi nodul akar dan sebagai sumber isolat R. japonicum indigenous, (2) isolasi dan pemurnian R. japonicum indigenous dari nodul akar kedelai Wilis dan Edamame dengan metode permukaan dan goresan pada medium selektif YMA + Congo red., (3) pemurnian, (4) karakterisasi koloni dan sel isolat R. japonicum indigenous, uji aerobisitas, motilitas, uji biokimia, uji nitrit dan nitrat, tipe pertumbuhan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ada perbedaan karakteristik nodul akar dan karakteristis isolat bakteri R. japonicum indigenous dari nodul akar kedelai lokal varietas Wilis dan varietas Introduksi Edamame. Nodul akar kedelai Edamame cenderung lebih menyebar di perakaran dengan ukuran lebih besar (0,89 cm), lebih berat (0,82 gram) dan lebih efektif (71,20 %) dibanding nodul akar Wilis serta periode aktif yang lebih panjang (6-12 minggu). Persamaan karakteristik koloni bakteri R. japonicum indigenous dari nodul akar Edamame dengan Wilis yaitu warna pink, sedikit berlendir, tidak motile, bentuk koloni curled dengan tepi undulate dan bentuk koloni pada agar miring arboresent, sedang perbedaannya diameter koloni bakteri R. japonicum indigenous dari nodul akar Edamame lebih besar (8 mm) dengan struktur dalam ciliate dan elevasi raised serta bentuk koloni agar tegak rhizoid. Persamaan karakteristik sel bakteri R. japonicum indigenous dari nodul akar Edamame dengan Wilis yaitu gram negatif, mikroaerob, netral –asam, fermentatif, mereduksi nitrat, sedang perbedaannya sel bakteri R. japonicum indigenous dari nodul akar Edamame berbentuk coccus, tidak terjadi amonifikasi dan pertumbuhannya lebih lambat karena awal fase eksponensial setelah 48 jam.