Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis faktor-faktor yang mempengaruhi kualitas laporan keuangan organisasi nirlaba pada Masjid se-Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Populasi dalam penelitian ini ialah seluruh Masjid besar se-Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta yang telah ditetapkan oleh Bidang Penamas Kanwil Kementerian Agama Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Peneltian ini menggunakan data primer. Variabel penelitian ini meliputi variabel dependen (kualitas laporan keuangan) dan variabel independen (praktik manajemen keuangan, sistem pengendalian internal dan kegiatan pengumpulan dana). Data primer diperoleh dari jawaban kuisioner yang dipilih dengan metode purposive sampling. Model pengujian analisis regresi linier berganda dengan bantuan software statistik SPSS v.15.0. Berdasarkan hasil analisis yang telah dilakukan menunjukkan bahwa variabel-variabel independen di atas memiliki hubungan yang sama sebagaimana diajukan dalam hipotesis. Pada model regresi berganda diperoleh hasil bahwa praktik manajemen keuangan, sistem pengendalian internal dan kegiatan pengumpulan dana berpengaruh signifikan positif terhadap kualitas laporan keuangan.