Penelitian ini dilatarbelakangi oleh adanya penurunan penerimaan pajak secara berturut-turut dari tahun 2013-2015. Padahal, Direktorat Jendral Pajak (DJP) telah mengupayakan peningkatan pelayanan dengan memanfaatkan teknologi, yaitu membuat sistem online dalam pengisian Surat Pemberitahuan (SPT) yang ditetapkan sejak tahun 2009. Dengan demikian, wajib pajak diharapkan dapat lebih mudah dan taat dalam melaporkan kewajiban perpajakannya dengan menggunakan e-SPT. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis Pengaruh Pengetahuan Perpajakan, Kemudahan Sistem, Kebermanfaatan Sistem dan Kualitas Sistem terhadap Penerapan E-SPT serta Implikasinya terhadap Efisiensi Proses Data. Subyek dalam penelitian ini adalah wajib pajak badan yang terdaftar di tiap-tiap KPP Pratama yang ada di wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta. Dalam penelitian ini, sampel yang digunakan berjumlah 126 responden yang dipilih dengan menggunakan metode convenience sampling dengan cara menyebar kusioner. Alat analisis yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode regresi berganda dan metode regresi sederhana. Berdasarkan analisa yang telah dilakukan, diperoleh hasil bahwa pengetahuan perpajakan berpengaruh positif terhadap penerapan e-SPT, kemudahan sistem tidak memiliki pengaruh terhadap penerapan e-SPT sedangkan kebermanfaatan sistem memiliki pengaruh negatif terhadap penerapan e-SPT, kualitas sistem berpengaruh positif terhadap penerapan e-SPT dan penerapan e- SPT memiliki pengaruh positif terhadap efisiensi proses data.