Konflik Papua yang terjadi sejak wilayah ini resmi menjadi bagian dari NKRI dan dengan seiring berjalannya waktu konflik ini berkembang menjadi konflik yang sangat kompleks dengan berbagi macam faktor yang menunjang konflik ini. Sumber konflik Papua mencakup berbagai isu, yakni seperti sejarah integrasi Papua ke wilayah NKRI dan identitas politik orang Papua, kekerasan politik dan pelanggaran HAM, serta gagalnya pembangunan di Papua. Keberadaan pangkalan Darwin yang berjarak sangat dekat dengan Papua, akan berpengaruh terhadap dimensi ancaman kemanan Indonesia. DImensi ancaman yang disebabakan oleh adanya pangkalan militer ini terkait konflik yang terjadi di Papua antara lain bahwa pangkalan Darwin digunakan sebagai basis pengawasan ke Papua, serta pangkalan ini dijadikan sebagai penyalur dukungan oleh AS dan Australia ke Papua.