Konflik yang terjadi di internal PKS antara kubu keadilan dan kubu kesejahteraan memasuki babak baru dalam dinamika politik internal partai, kubu keadilan yang merasa tersisihkan mulai memperlihatkan perlawanan dengan melakukan gugatan ke pengadilan, tak ayal hal ini membuat kubu kesejahteraan menjadi terpojok setelah sekian lama mampu untuk menghegemoni setiap kebijakan yang diambil oleh partai. Tercerabutnya akar genealogis kepartaian menjadi salah satu penyebab timbulnya perbedaan pemahaman diantara kader senior partai, kubu keadilan dengan semangat membumikan islam yang menjadikan dakwah sebagai panglima dalam melakukan kegiatan politik, dianggap oleh kubu kesejaheraan sebagai perilaku politik yang kolot , tidak luwes dan jauh dari hakikat pedirian partai yang bertujuan untuk mendapatkan kekuasaan.