Sebagai dua negara yang bertetangga, Indonesia dan Australia mempunyai sejarah panjang dalam hubungan bilateral. Hubungan bilateral kedua negara tersebut diwarnai banyak pasang surut seiring bergantinya pemerintahan sekaligus kebijakan di masing-masing negara. Ada kalanya kedua negara berhubungan dengan harmonis dengan berbagai kerjasama yang dibangun oleh kedua negara. Namun ada waktu dimana kedua negara saling bersitegang dengan berbagai permasalahan yang menyangkut kepentingan kedua negara. Hubungan paling rendah yang pernah terjadi dalam hubungan bilateral Indonesia dan Australia adalah pada tahun 1999 setelah kasus disintegrasi Timor Timor dari Indonesia.