Permasalahan yang rumit dan kompleks di Mindanao yang berasal dari perbedaan identitas dan budaya dengan Filipina, yang kemudian MIndanao masuk dalam wilayah administratif negara Filipina. Hal tersebut menjadi pangkal permasalah yang terjadi sampai saat ini. Munculnya kebijakan-kebijakan presiden sebelumnya yang berusaha untuk memarjinalisasi kelompok muslim di Mindanao. Pada bab-bab sebelumnya sudah dijelaskan dan dipaparkan dengan jelas mengenai dinamika perdamaian di Mindanao serta situasi dan kondisi di Mindanao.