Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui apakah ada pengaruh yang signifikan antara program sertifikasi terhadap kompetensi pedagogik guru di Madrasah Mu'allimin Muhammadiyah Yogyakarta dan seberapa besar pengaruh tersebut. Penelitian ini menggunakan jenis penelitian deskriptif kuantitatif model korelasional searah. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa pelaksanaan sertifikasi di Madrasah Mu'allimin berada dalam kategori cukup baik dna kompetensi pedagogik juga dalam kategori cukup baik. Program sertifikasi dapat mempengaruhi kompetensi pedagogik guru sebesar 22, 6% , Sedangkan 77,4% dipengaruhi oleh faktor lain seperti latar belakang pendidikan , pengalaman belajar, pengembangan profesi keguruan dan sebagainya.