Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kebijakan sekolah terhadap siswa beragama minoritas di SMP PGRI Kasihan dan melihat apakah ada perbedaan kebijakan untuk siswa yang beragama minoritas di SMP PGRI Kasihan. Penelitian ini menggunakan jenis penelitian deskriptif kualitatif. Subjek penelitian ini adalah kepala sekolah guru mata pelajaran agama dan siswa yang beragama minoritas dan mayoritas. Teknik pengumpulan data yang digunakan pada penelitian ini meliputi observasi, wawancara dan dokumentasi. Analisis data yang digunakan meliputi 4 tahap yaitu dengan pengumpulan data, reduksi data, penyajian data dan pengambilan kesimpulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tidak ada kebijakan khusus untuk siswa beragama minoritas di SMP PGRI Kasihan. Kebijakan sekolah di SMP PGRI Kasihan disama ratakan antara siswa yang beragama minoritas dengan siswa yang beragama mayoritas. Sedangkan perbedaan terlihat pada kelas yang disediakan sekolah antara untuk siswa yang beragama minoritas dengan siswa yang beragama mayoritas. Kelas yang disediakan sekolah untuk siswa yang beragama minoritas belum memenuhi standar sarana dan prasarana yang telah ditentukan sedangkan untuk siswa yang beragama mayoritas kelas sudah sesuai dengan sarana dan prasarana.