Perguruan Tinggi Muhammadiyah (PTM) merupakan salah satu unggulan amal usaha Muhammadiyah yang memberikan kontribusi besar pada perkembangan dunia pendidikan tinggi di Indonesia. PTM dalam kontribusinya dalam dunia pendidikan tinggi harus bersaing dengan Perguruan Tinggi (PT) lain, baik negeri maupun swasta, yang semakin bertumbuh kembang. Agar dapat menjadi PT yang unggul dan memenangkan persaingan, PTM perlu terus berbenah dan memperbaiki diri, termasuk dalam hal tata kelola PT (university governance). Peningkatan kualitas unsur-unsur PT harus didukung dengan sistem tata kelola yang baik (Djanali, 2005). Masalah good governance telah menjadi perhatian intensif baik pada sektor korporasi maupun pemerintah. Namun demikian, literatur maupun studi mengenai sistem tata kelola PT yang baik masih sangat terbatas. Secara khusus, sejauh pengamatan peneliti belum ada upaya untuk memotret implementasi good university governance (GUG) di lingkungan PTM. Hal ini disebabkan belum adanya instrumen indikator yang secara khusus dikembangkan untuk dapat mengukur implementasi GUG, khususnya GUG PTM. Studi yang mencoba memotret implementasi GUG di PT adalah Slamet (2015). Slamet (2015) telah melakukan studi penilaian GUG pada Perguruan Tinggi Negri Badan Layanan Umum di Malang. Belum ada studi yang secara spesifik memotret implementasi GUG di PTM, padahal nilai-nilai Keislaman dan Kemuhammadiyahan yang menjadi landasan beroperasinya PTM mengimplikasi pada kemungkinan perbedaan konsep GUG antara PTN dan PTM. Penelitian ini dilakukan dalam dua tahap utama, yaitu (1) mengembangkan instrumen indikator-indikator imlementasi GUG di PTM, dan (2) memotret implementasi GUG pada beberapa PTM di Yogyakarta. Metoda penelitian yang digunakan meliputi studi literatur dan focus group discussion (FGD), serta survey pada stakeholders PTM.