Penelitian ini bertujuan untuk menguji (1) : Pengaruh kompetensi sumber daya manusia terhadap kualitas laporan keuangan daerah, (2) Pengaruh pemanfatan teknologi informasi terhadap kualitas laporan keuangan daerah, (3) Pengaruh pengendalian intern terhadap kualitas laporan keuangan daerah, (4) Pengaruh penerapan sistem akuntansi keuangan daerah terhadap kualitas laporan keuangan daerah, (5) Pengaruh kompetensi sumber daya manusia terhadap kualitas laporan keuangan daerah melalui penerapan sistem akuntansi keuangan daerah, (6) Pengaruh pemanfaatan teknologi informasi terhadap kualitas laporan keuangan daerah melalui penerapan sistem akuntansi keuangan daerah, (7) Pengaruh pengendalian intern terhadap kualitas laporan keuangan daerah melalui penerapan sistem akuntansi keuangan daerah, (8) Perbedaan pengaruh aspek personal dan aspek sistem terhadap kualitas laporan keuangan daerah di Kabupaten Cilacap dan Kabupaten Banyumas. Jenis data yang digunakan dalam penelitian ini merupakan data primer. Penelitian dilakukan dengan menyebar kuesioner pada setiap organisasi pemerintah daerah (OPD) di Kabupaten Cilacap dan Kabupaten Banyumas. Analisis yang digunakan dalam penelitian ini adalah menggunakan analisis regresi berganda, path analysis dan uji chow dengan program SPSS 15.0. Hasil penelitian menyimpulkan bahwa : Kompetensi sumber daya manusia, pemanfaatan teknologi informasi dan penerapan sistem akuntansi keuangan daerah berpengaruh signifikan terhadap kualitas laporan keuangan daerah, pengendalian intern tidak berpengaruh signifikan terhadap kualitas laporan keuangan daerah. Penerapan sistem akuntansi keuangan daerah memediasi pengaruh kompetensi sumber daya manusia dan pemanfaatan teknologi informasi terhadap kualitas laporan keuangan, sedangkan penerapan sistem akuntansi keuangan daerah tidak memediasi pengaruh pengendalian intern terhadap kualitas laporan keuangan daerah. Terdapat perbedaan pengaruh aspek personal dan aspek sistem terhadap kualitas laporan keuangan daerah di Kabupaten Cilacap dan Kabupaten Banyumas.