Hasil penelitian menunjukkan bahwa analisis kinerja keuangan RS PKU Muhammadiyah Yogyakarta berdasarkan analisis rasio liquiditas, solvabilitas, aktivitas, dan profitabilitas menunjukkan kinerja yang baik dan berdasarkan indikator kinerja keuangan RS pada pedoman penyusunan rencana bisnis dan anggaran BLU Rumah sakit, kinerja keuangan RS PKU Muhammadiyah dari tahun 2001 sampai 2005 termasuk dalm kategori sehat.