Pengobatan dengan tanaman herbal telah digunakan sejak lama. Bawang putih (Allium sativum L.) merupakan salah satu tanaman yang memiliki banyak khasiat pengobatan. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi aktivitas antibakteri ekstrak etanolik bawang putih terfraksinasi terhadap Shigella flexneri secara in vitro dan in silico. Proses ekstraksi dilakukan dengan metode maserasi dan dilanjutkan proses fraksinasi menggunakan tiga pelarut dengan tingkat polaritas yang berbeda (metanol, etilasetat, dan n-heksan). Setiap fraksi dibagi menjadi enam konsentrasi (1%, 5%, 10%, 25%, 50%, dan 75%) dan menjadi sampel untuk pengujian aktivitas antibakteri metode Kirby-Bauer Disk Diffusion Test. Ekstrak yang menunjukkan hambatan signifikan pada uji antibakteri dilakukan analisis kandungan dengan metode gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS). Senyawa organosulfur yang terdeteksi dilakukan analisis secara in silico dengan metode molecular docking terhadap DNA gyrase subunit B. Hasil uji aktivitas antibakteri menunjukkan bahwa ketiga fraksi memiliki aktivitas antibakteri terhadap Shigella flexneri. Aktivitas antibakteri tertinggi hingga terendah adalah fraksi n-heksan (9,833 + 1,556), fraksi etilasetat (7,944 + 3,327), dan fraksi metanol (1,527 + 3,742). Data ini menunjukkan bahwa fraksi etilasetat dan n-heksan lebih signifikan (P < 0,05) daripada fraki metanol. Analisis GC-MS terhadap fraksi etilasetat dan n-heksan menunjukkan keberadaan senyawa organosulfur seperti Dialil disulfida, Dialil trisulfida, 2-vinyl-[4H]-1,3-dithiin, dll. Uji in silico senyawa-senyawa organosulfur tersebut dengan target DNA gyrase subunit B menunjukkan adanya afinitas dalam efek antibakteri. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa fraksi n-heksan dan fraksi etilasetat memiliki aktivitas antibakteri yang baik dengan uji secara in vitro dan in silico.