Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbandingan kinerja keuangan bank syariah Indonesia dan bank syariah Malaysia berdasarkan pengaruh variabel Capital Adequacy Ratio (CAR), Finance to Deposit Ratio (FDR), dan Non Performing Financing (NPF) secara parsial terhadap Return on Asset (ROA). Jenis penelitian ini adalah penelitian kuantitatif dengan menggunakan data time series dari tahun 2010 sampai tahun 2014. Sumber data berasal dari laporan keuangan Bank Indonesia dan Bank Negara Malaysia. Analisis yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisis regresi linier berganda dan uji chow (chow test). Sebelum melakukan uji regresi linier berganda, peneliti melakukan uji asumsi klasik terhadap data-data tersebut yang meliputi uji multikolinearitas, uji autokorelasi, uji heteroskedastisitas dan uji normalitas residual. Berdasarkan hasil uji regresi linier berganda pada data time series menunjukkan bahwa secara parsial Capital Adequacy Ratio (CAR) dan Non Performing Financing (NPF) berpengaruh secara negatif dan signifikan terhadap Return on Asset (ROA) bank syariah Indonesia, sedangkan Finance to Deposit Ratio (FDR) tidak berpengaruh terhadap Return on Asset (ROA) bank syariah Indonesia. Sementara Capital Adequacy Ratio (CAR), Finance to Deposit Ratio (FDR), dan Non Performing Financing (NPF) pada bank syariah Malaysia secara parsial berpengaruh terhadap Return on Asset (ROA) bank syariah Malaysia. Kemudian hasil uji chow (chow test) menunjukkan bahwa terdapat perbedaan antara kinerja keuangan bank syariah Indonesia dan bank syariah Malaysia.