Problem Based Learning (PBL) merupakan metode pembelajaran yang berpusat pada mahasiswa. Salah satu komponen dalam Problem Based Learning adalah tutorial yang merupakan diskusi dalam kelompok kecil. Tutorial dalam PBL menggunakan metode seven jumps dengan skenario yang ill-structured. Metode lain yang mempunyai prinsip Student Centered Learning adalah Case Based Learning (CBL). Berbeda halnya dengan PBL, tutorial dalam CBL menggunakan metode multilevel scenario dengan skenario yang well-structure. Kepuasan mahasiswa terhadap metode tutorial berhubungan dengan motivasi mahasiswa yang berpengaruh pada hasil belajar mahasiswa. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan metode pembelajaran dan kepuasan mahasiswa di Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta untuk mengetahui metode pembelajaran yang terbaik untuk diaplikasikan. Penelitian ini menggunakan desain cross sectional dengan rancangan analitic design. Populasi dalam penelitian ini adalah mahasiswa Program Studi Pendidikan Dokter tahun keempat yang telah menjalani tutorial metode PBL dan CBL di FKIK UMY. Seluruh sampel berjumlah 73 orang mahasiswa. Pengambilan sampel dengan menggunakan metode simple random sampling. Pada perhitungan statistic uji komparasi Wilcoxon antara variabel bebas berupa metode tutorial dan variabel terikat berupa kepuasan menunjukan bahwa nilai (p=0,006), sehingga ditemukan ada perbedaan tingkat kepuasan terhadap metode tutorial problem based learning dengan case based learning. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa terdapat perbedaan antara metode tutorial PBL dan CBL terhadap kepuasan mahasiswa dalam tutorial tutorial dimana CBL memiliki kecenderungan kepuasan lebih baik dibandingkan PBL.