Daerah Istimewa Yogyakarta mendapatkan pengakuan Keistimewaannya dengan disahkannya Rancangan Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2012 menjadi Undang-Undang Nomor 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan DIY. Bidang kelembagaan menjadi salah satu topik kewenangan keistimewaan pada UndangUndang Nomor 13 Tahun 2012 Tentang Keistimewaan DIY. Kewenangan kelembagaan Pemerintah Daerah DIY diselenggarakan untuk mencapai efektivitas dan efesiensi penyelenggaraan pemerintah dan pelayanan masyarakat berdasarkan prinsip responsivitas, akuntabilitas, transparansi, dan partisipasi dengan memperhatikan bentuk dan susunan pemerintahan asli yang selanjutnya diatur dalam perdais. Penelitian ini menggunakan metode penelitian deskriptif kualitatif karena untuk menggambarkan kelembagaan pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta pasca diberlakukannya UU keistimewaan. Objek penelitian pelaksanaan UU keistimewaan yang berkaitan dengan bidang kelembagaan. Teknik pengumpulan data yang digunakan dengan metode studi dokumen dan wawancara. Setelah data dikumpulkan kemudian dilakukan analisis. Berdasarkan hasil penelitian pasca diberlakukannya UU Nomor 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan DIY, terdapat perubahan dibidang kelembagaan pemerintah DIY. Dengan perubahan tersebut pemerintah DIY melakukan penataan kelembagaan. Proses penataan kelembagaan dilhat dari 1) pembentukan regulasi; 2) gambaran kondisi kelembagaan terkini 3) analisis kebutuhan lembaga 4) penyusunan struktur. Setelah dilakukan analisis struktur kelembagaan pemerintah DIY diketahui bahwa desain atau model organisasi perangkat daerah yang sesuai adalah Birokrasi Mesin. Sedangkan faktor penyebab perubahan atau penataan kelembagaan Pemerintah DIY adalah karena adanya Undang-undang Nomor 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan DIY.Kesimpulan dari penelitian ini adalah terdapatnya perubahan dibeberapa SKPD DIY. Sedangkan kendala yang dihadapi dalam melakukan penataan kelembagaan pemerintah DIY yaitu karena tidak adanya turunan PP atau Permendagri dari UU keistimewaan, sehingga dapat dikatakan UU keistimewaan terjun bebas langsung ke perdais. Dengan diberlakukannya UU Nomor 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan DIY, diharapkan Pemerintah Daerah DIY dapat bekerja optimal, efektif dan efisien dalam melaksanakan pemerintahan dan pelayanan kepada masyarkat karena telah dilakukannya penataan kearah yang lebih baik. Pemerintah Pusat juga diharapkan untuk membuat Peraturan Pemerintah atau pun Peraturan Menteri yang mengatur tentang keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta dalam bidang kelembagaan untuk dijadikan sebagai pedoman penataan kelembagaan. Segera disahkannya Perdais Tentang Kelembagaan agar memudahkan Pemerintah DIY dalam melakukan penataan kelembagaan pasca diberlakukannya UU keistimewaan.