Pembinaan terhadap Peradilan Agama (selanjutnya disingkat PA) mengalami perubahan pada era Reformasi. Sebelum era Reformasi pembinaan terhadap PA dilakukan oleh dua lembaga, yaitu Kementerian Agama (Kemenag) dan Mahkamah Agung (MA), sedangkan pada era Reformasi pembinaan hanya dilakukan oleh Mahkamah Agung saja. Disertasi ini berupaya melihat fenomena seputar proses perubahan tersebut dan pengaruhnya terhadap PA. Rumusan masalah dalam penelitian ini adalah: (1) Mengapa PA mengalami perubahan dari peradilan “dua atap” menjadi peradilan “satu atap” pada era Reformasi ? (2) Faktor-faktor apa sajakah yang mempengaruhi terjadinya perubahan dalam pembinaan terhadap PA pada era Reformasi tersebut ? Penelitian ini merupakan penelitian pustaka (library reseach) atau penelitian literer, sifat penelitian deskriptif analitis, teknik pengumpulan data yang digunakan dalam penelitian ini adalah penelaahan terhadap data-data kualitatif yang terdapat dalam berbagai literatur, analisa yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisa non statistik atau analisa kualitatif. Disamping itu data yang sudah terkumpul dianalisis secara kualitatif dengan menggunakan metode berfikir deduktif dan induktif. Berdasarkan penelitian yang dilakukan seputar PA di Era Reformasi, terjadi pro dan kontra dalam proses perubahan pembinaan terhadap PA. Pihak yang kontra dalam hal ini diwakili oleh aparat Kemenag dan pengurus MUI yang berupaya untuk mempertahankan pembinaan PA tetap berada di tangan Kemenag. Pihak yang kontra dalam hal ini diwakili oleh aparat PA yang menghendaki agar pembinaan terhadap PA hanya berada di tangan MA. Atas upaya aparat PA dalam mengupayakan perubahan pembinaan terhadap PA bersamaan dengan berhembusnya reformasi peradilan pada era Reformasi, kemudian terjadi perubahan pembinaan terhadap PA. Sebagai kesimpulan, (1) PA mengalami perubahan dari pembinaan “dua atap” (pembinaan ganda) pada masa sebelum era Reformasi menjadi pembinaan “satu atap” (one roof system) pada masa Reformasi disebabkan upaya aparat PA untuk melakukan perubahan dalam pembinaan, dengan harapan agar PA mengalami kemajuan dibanding dengan era sebelumnya, disamping arus reformasi peradilan pada masa awal Reformasi yang menyerukan adanya independensi lembaga peradilan (2) Faktor-faktor yang mempengaruhi perubahan PA dari sebelumnya merupakan “peradilan dua atap” (pembinaan ganda) pada era Orde Baru menjadi ‘Peradilan Satu Atap” (pembinaan tunggal) pada era Reformasi adalah adanya faktor internal dan faktor eksternal. Faktor internal diantaranya adalah: (a) Upaya dari aparat PA sendiri yang berupaya untuk melakukan perubahan demi untuk kemajuan dan kemandirian PA. (b) Dengan berubah menjadi “satu atap” maka pengelolaan pengadilan lebih efisien. (c) Memudahkan komunikasi diantara aparat PA. (d) Terbukanya peluang bagi aparat PA untuk bersaing dengan aparat dari lingkungan peradilan lainnya di bawah MA untuk menduduki suatu jabatan tertentu. Sedangkan faktor eksternal diantaranya adalah diberlakukannya beberapa peraturan perundangan yang menggantikan peraturan perundangan yang ada sebelumnya. Hasil penelitian ini yang mengungkap bahwa perubahan pembinaan PA pada era Reformasi memberikan kontribusi teoritik berupa melengkapi teori Imam Prasojo dan Eko Kurniawan yang menyatakan bahwa Reformasi Birokrasi atau Reformasi Administrasi Negara di negara-negara berkembang pada umumnya dilakukan melalui dua strategi, yaitu: (1). Merevitalisasi kedudukan, peran dan fungsi kelembagaan yang menjadi motor penggerak reformasi birokrasi. (2) Menata kembali sistem Administrasi Negara, baik dalam hal struktur, proses, sumber daya manusia serta relasi antara negara dan masyarakat. Reformasi Birokrasi tersebut meliputi aspek, (a) Revitalisasi Kedudukan, peran, fungsi lembaga. (b) Struktur organisasi. (c) Proses kelembagaan (proses yudisial dan non yudisial) (d) Sumber daya manusia. (e) Pelayanan Publik / transparansi dan kemudahan akses. Konsep tersebut telah sejalan dengan perubahan pembinaan di lingkungan PA pada era Reformasi yang telah penyusun sebutkan pada bab kelima. Namun bila dilihat secara menyeluruh dan ideal, perubahan pembinaan tersebut masih menyisakan problem yang belum terselesaikan di lingkungan PA sampai saat ini, yaitu aspek anggaran dan rekruitmen pegawai, sehingga kemandirian yang terjadi di lingkungan PA pada era Reformasi belum sepenuhnya mandiri secara totalitas, karena terkait kekuasaan di luar PA ataupun MA, yaitu kekuasan eksekutif dan legislatif