Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi karateristik fenotipe tanaman jagung (Zea mays L.) var. Black Aztec dan var. Pulut melalui karakterisasi fenotipe di Yogyakarta. Metode yang digunakan adalah observasi pada tanaman dengan penanaman di lahan percobaan Fakultas Pertanian UMY, kemudian diamati karakteristik batang, daun, bunga, tongkol dan biji pada masing-masing varietas. Kesamaan dan keragaman karakter tanaman jagung varietas Pulut dan Black Aztec dapat dilihat melalui karakter batang, daun, bunga, tongkol dan karakter biji. Karakter penting yang mempunyai kesamaan yaitu, jumlah daun di atas tongkol, total jumlah daun, umur berbunga, diameter tongkol dan warna endosperm. Keragaman karakter yang terdapat pada kedua varietas tersebut antara lain, tinggi tanaman, warna batang, tipe malai, jumlah tongkol per tanaman, jumlah baris biji, jumlah biji per baris, tipe biji, warna biji dan ukuran biji.