Penelitian ini bertujuan untuk dapat menjelaskan bagaimana Implementasi pendidikan di Sekolah menengah atas antar dua daerah yang berbeda yaitu di SMA Negeri 2 Tarakan dan di SMA Negeri 1 Sebatik Tengah, Sekolah yang berada di kota dan yang berada didesa. Jenis penelitian ini merupakan penelitian kualitatif, Subyek dalam penelitian ini yaitu kepala sekolah dan guru pendidikan Agama Islam. Sedangkan teknik pengumpulan data yang digunakan dalam penelitian ini adalah dengan cara observasi, wawancara dan dokumentasi. Indikator (1) implementasi pendidikan Agama Islam di SMA Negeri 2 Tarakan (2) implementasi Pendidikan Agama Islam SMA Negeri 1 Sebatik Tengah. Hasil dari penelitian ini, peneliti dapat memaparkan bahwa (1) Implementasi Pendidikan Agama Islam di Sekolah menengah atas di SMA Negeri 2 Tarakan dapat dikatakan belum baik saat diluar pembelajaran, disebabkan oleh banyaknya siswa diketahui merokok, adapun didapatkan menggunakan narkoba dan kejadian berhubungan intim diluar nikah, beberapa faktor yang mempengaruhi, (a) letak geografis, diperkotaan segala sesuatu ada, mudah mengakses apapun yang siswa inginkan. (b) Budaya dikota semakin luntur, salam, sapa dan sopan merupakan budaya yang telah dibiasakan, namun sekarang sudah mulai hilang perlahan. (c) pergaulan dikota sangat minim dengan moral, kekerasan, kejahatan dan kriminal sudah sering terjadi pada kota kota umumnya dan salah satunya yaitu kota di Tarakan. Sedangkan dalam pembelajaran dapat dikatakan kondusif. (2) Implementasi pendidikan agama Islam Sekolah Menengah Atas di desa baik diluar pembelajaran maupun didalam pembelajaran, dikarenakan pergaulan yang positif, sebab budaya sopan dan santun masih melekat pada pelajar dan warga tersebut.