Penelitian ini bertujuan untuk: (1) Untuk menganalisis Prestasi belajar PAI di SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta. (2)Untuk menganalisis akhlaq siswa Kelas IX di SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta.(3) Untuk menganalisis apakah ada hubungan prestasi belajar PAI dengan akhlaq siswa kelas IX di SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta. Penelitian ini menggunakan metode kuantitatif dengan pendekatan deskriptif kuantitatif. Teknik sampling yang digunakan adalah teknik simple random samplingyang berjumlah 71 siswa. Teknik pengumpulan data yang digunakan adalah menggunakan kuisioner dan dokumentasi. Kemudian data dianalisis dengan menggunakan analisis dekriptif dan pengujian hipotesis menggunakan regresi linier sederhana. Hasil penelitian ini adalah sebagai berikut: (1) Prestasi belajar siswa kelas IX SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta pada mata pelajaran PAI cenderung Baik, yaitu sebesar 46,48% dari jumlah responden memiliki prestasi belajar PAI yang baik. (2) Akhlak siswa kelas IX SMP Muhammadiyah 3 Yogyakarta cenderung baik, yaitu sebesar 50,71% dari jumlah responden berada pada kategori baik. (3) dengan berdasar pada hasil penelitian yang menunjukan bahwa besar hubungan antara Prestasi belajar PAI dengan Akhlak siswa adalah -1.87 dengan nilai signifikansi 0.119 > 0.05. jadi dalam hasil ini ada hubungan negataif antara dua variable.