Latar belakang : Program EMAS merupakan salah satu langkah untuk meningkatkan derajat kesehatan ibu dan bayi yang dimulai sejak 2012. Kabupaten Pekalongan mulai di intervensi EMAS sejak tahun 2015. Selama pelaksanaan program EMAS di Kabupaten Pekalongan, Angka Kematian Ibu (AKI) mengalami penurunan akan tetapi Angka Kematian Bayi (AKB) mengalami peningkatan. Sehingga faktor-faktor yang mempengaruhi pelaksanaan program EMAS dalam menurunkan AKI dan AKB di Kabupaten Pekalongan perlu dIketahui. Tujuan: Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui faktor-faktor yang mempengaruhi pelaksanaan program EMAS dalam menurunkan AKI dan AKB di Kabupaten Pekalongan. Metode Penelitian: Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif dengan desain penelitian studi kasus. Penelitian ini dilakukan di Lingkungan wilayah kerja Dinas Kesehatan Kabupaten Pekalongan, Provinsi Jawa Tengah yang dimulai pada bulan Agustus 2017 hingga bulan April 2018. Total informan yang dilibatkan dalam penelitian ini sebanyak 25 orang. Data dikumpulkan langsung di lapangan yang berupa data primer. Data primer berupa hasil wawancara mendalam (indepth interview) dan FGD. Teknik pengolahan dan pemeriksaan keabsahan data dilakukan menggunakan teknik triangulasi Hasil Penelitian:Pada penelitian ini didapatkan 4 tema, 9 subtema, dan 37 kategori. Tema pada penelitian ini adalah Program pembantu, Kerjasama lintas sektor masih kurang, Komitmen dan dukungan, serta Kondisi geografis yang sulit. Kesimpulan: Faktor-faktor yang mempengaruhi pelaksanaan program EMAS dalam menurunkan AKI dan AKB di Kabupaten Pekalongan tertuang dalam 4 tema utama yaitu Program pembantu, Kerjasama lintas sektor masih kurang, Komitmen dan dukungan, Kondisi geografis yang sulit.