Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui: 1) Perbandingan prosedur penerapan pembiayaan mudharabah, 2) Perhitungan bagi hasil, 3) Pembiayaan mudharabah ditinjau berdasarkan PSAK No. 105, 4) Perbandingan pembiayaan mudharabah di BMT Universitas Muhammadiyah Yogyakarta dan BMT Al Ikhlas. Teknik pengumpulan data yang digunakan dalam penelitian ini menggunakan teknik wawancara dan studi kepustakaan. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa: 1) Prosedur tahapan pembiayaan mudharabah yang dijalankan BMT Universitas Muhammadiyah Yogyakarta dan BMT Al Ikhlas berbeda. 2) Perhitungan bagi hasil pembiayaan mudharabah BMT Universitas Muhammadiyah Yogyakarta sebesar 25% : 75% sedangkan BMT Al Ikhlas sebesar 30% : 70%. 3) Pembiayaan mudharabah BMT Universitas Muhammadiyah Yogyakarta sudah sepenuhnya sesuai dengan PSAK No. 105 sedangkan di BMT Al Ikhlas belum sepenuhnya sesuai dengan PSAK No. 105. 4) Pembiayaan mudharabah di BMT sepenuhnya sudah menerapkan prinsip Syariah Islam namun dalam penerapan pembiayaan mudharabah disetiap BMT berbedabeda.