Pendahuluan : Badan Penyelenggara Jaminan Kesehatan (BPJS) merupakan badan hukum publik yang dibentuk untuk menyelenggarakan program jaminan sosisal, Semua penduduk indonesia diwajibkan menjadi peserta jaminan kesehatan yang dikelola oleh BPJS termasuk warga asing yang telah bekerja paling singkat enam bulan. Kualitas pelayanan adalah upaya dalam memuaskan setiap pemakaian jasa sesuai dengan tingkat kepuasan rata-rata penduduk. Sehingga diperlukan mutu pelayanan kesehatan yang sesuai dengan standart yang telah ditetapkan. Peserta Bantuan Iuran (PBI) adalah Peserta BPJS yang tergolong fakir miskin dan orang tidak mampu dan Peserta Bukan Penerima Bantuan Iuran (Non-PBI) adalah Peserta BPJS yang tidak tergolong fakir miskin dan orang tidak mampu. Tujuan : Untuk mengetahui perbandingan kualitas pelayanan pasien BPJS PBI dan Non-PBI di Rumah Sakit Swasta Yogyakarta. Metode : jenis penelitian ini adalah penelitian observasional analitik dengan rancarngan cross sectional. Sampel dalam penelitian ini adalah pasien BPJS PBI dan Non-PBI di Rumah Sakit Swasta Yogyakarta yang memnuhi kriteria inklusi dan eksklusi. Analisis data menggunakan uji independent sampel t-test dan uji mann whitney. Hasil : Hasil penelitian pada analisis bivariat dikelas II terdapat perbedaan kualitas pelayanan pasien BPJS PBI dan Non-PBI secara signifikan dengan nilai signifikasi 0.018 dimana nilai tersebut <0.05, hasil penelitian pada kelas III terdapat perbedaan kualitas pelayanan pasien BPJS PBI dan Non-BPJS secara signifikan dengan nilai signifikasi 0.000 dimana nilai tersebut <0.05. hasil penelitian pada kelas II dan III terdapat perbedaan kualittas pelayanan pasien BPJS PBI dan Non-PBI secara signifikan dengan nilai signifikasi 0.000 dimana nilai tersebut lebih <0.05. Kesimpulan : Terdapat perbandingan kualitas pelayanan pasien BPJS PBI dan NonPBI kelas II dan kelas III di Rumah Sakit Swasta Yogyakarta