Jagung dapat dijadikan sebagai sumber bahan karbohidrat altrernatif untuk memenuhi kebutuhan pangan sehat. Jagung kaya amilopektin memiliki kandungan amilopektin tinggi namun produktifitasnya rendah, sedangkan jagung ungu memiliki kandungan antosianin tinggi dan produktifitasnya tinggi. Persilangan antar tetua dua jagung lokal tersebut dapat dilakukan untuk pengembangan varietas baru. Tujuan dari penelitian ini adalah mempelajari pewarisan karakter fenotip generasi F1 hasil persilangan tanaman jagung (Zea mays L.) tinggi amilopektin dan kaya antosianin dengan metode single cross. Metode persilangan yang digunakan adalah single cross. Kemudian pengamatan dianalisis menggunakan uji Chi-Square untuk karakter kualitatif. Sementara heritabilitas dihitung untuk menguji karakter kuantitatif dan indeks seleksi juga dihitung dengan rasio penanaman antara induk betina (jagung kaya amilopektin) dan jantan (jagung tinggi antosianin). Karakter tinggi keberadaan tongkol dan rebah akar generasi F1 di pengaruhi oleh faktor genetik. Diperoleh 10 individu terpilih dari 333 total populasi dengan nilai indeks seleksi berkisar antara 2,38 – 15,40 pada karakter tinggi keberadaan tongkol dan rebah akar.