Malaria merupakan penyakit infeksi yang disebabkan oleh plasmodium yang hidup dan berkembangbiak dalam sel darah merah, yang ditularkan oleh nyamuk Anopheles. Berdasarkan laporan WHO pada tahun 2016 terdapat 212 juta kasus malaria dengan perkiraan 429.000 kematian di dunia. Metode tersebut tentunya harus dilakukan oleh teknisi laboratorium yang memiliki keahlian khusus serta pemeriksaan dilakukan dengan memakan banyak waktu serta pengambilan sampel berkali – kali. Selama ini paramedis mendiagnosis gejala menggunakan citra yang dilakukan secara manual. Selain itu pada proses analisis identifikasi infeksi sel parasit malaria, terdapat faktor kemungkinan human error yang dilakukan oleh paramedis karena banyaknya sampel yang harus di analisis. Hal ini dikarenakan mata manusia cenderung akan lelah disaat bekerja terus menerus, sehingga dapat menyebabkan kesalahan klasifikasi serta pengobatan yg tidak tepat. Oleh karena itu dibutuhkan sistem berbasis komputer dengan pengolahan citra yang memudahkan paramedis atau teknisi laboran dalam mengidentifikasi sel parasit tersebut serta mengurangi kasus human error. Pada penelitian ini akan dilakukan identifikasi berbasis komputer dengan cara mengolah citra parasit malaria dengan metode thresholding dan watershed untuk melakukan segmentasi citra parasit. Hasil penelitian menunjukkan keberhasilan dari kedua metode yang mampu mensegmentasi secara efektif dari ke 3 jenis plasmodium malaria yang memiliki tingkat akurasi diatas 90%. Serta hasil dari waktu komputasi antara metode thresholding mampu mensegmen citra selama 1 – 2 detik, dan metode watershed mampu mensegmen citra selama 3 – 4 detik.