Buah mengkudu (M. citrifolia L) diduga mengandung senyawa flavonoid yang berfungsi sebagai antioksidan. Senyawa rutin merupakan golongan flavonoid. Antioksidan berperan sebagai kemopreventif. Pada kanker terjadi overekspresi Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER-2). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efek antioksidan, efek sitotoksik fraksi etanol buah M citrifolia L terhadap sel kanker payudara MCF-7 dan potensi penghambatan HER-2 oleh rutin melalui analisis molecular docking. Penelitian ini menunjukkan bahwa fraksi etanol buah M citrifolia L memiliki aktivitas antioksidan dan efek sitotoksik yang lemah. Senyawa rutin mempunyai ikatan yang lebih lemah dibandingkan dengan native ligandya namun lebih kuat dibandingkan herceptin.