Kondisi kekeringan pada padi menyebabkan penurunan hasil. Salah satu solusi adalah dengan penggunaan mikrobia tanah yang menguntungkan bagi tanaman. Telah ditemukan isolat Rhizobakteri indegenous Merapi yang mampu bertahan hingga > 2,75 M dan dapat melarutkan P. Isolat Rhizobakteri indegenous Merapi belum diketahui kecocokannya pada varietas padi, pengaruhnya terhadap tanaman padi yang mengalami cekaman kekeringan. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui saling pengaruh varietas padi dengan inokulum, mengetahui ketahanan ketiga varietas terhadap cekaman kekeringan, dan mendapatkan isolat yang cocok sebagai pupuk hayati pada tiga varietas.