Sebagai organisasi keagamaan Persis memiliki titik fokus perjuangan di dalam rumah pemikira keagamaan dan pendidikan. Kemudian Persis sebagai organisasi pembaharuan juga memiliki misi di dalam berkehidupan untuk menerapkan syariat Islam secara kaffah ke dalam aspek semua kehidupan . Kemudian apabila ditarik lebih jauh lagi , misi Persis ini sendrii memiliki kecenderungan dalam mendirikan sebuah negara islam. Dalam menerapkan ini Persis tidak banyak dengan berjuang di dalam keagamaan dan pendidikan semata. Persis juga mengambil sikap dengan memberikan dukungan kepada partai-partai politik. Sehingga hal ini sangat menarik untuk dikaji lebih dalam terkait bagaimana dinamika afiliasi politik Persis dalam mencapai terwujudnya misi Persis dan cita=cita politik Persis Pascareformasi ini.