Penelitian ini bertujuan untuk menjelaskan bagaimana prosedur pelaksanaan pembiayaan murabahah dan memahami hubungan risiko pembiayaan murabahah terhadap tingkat pengembalian pembiayaan nasabah di BPRS Bangun Drajat Warga Yogyakarta. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode analisis deskriptif yaitu data diolah berdasarkan fakta yang tampak sebagaimana adanya. Pengumpulan data dilakukan dengan cara observasi, wawancara dengan Kepala Bagian pembiayaan di BPRS Bangun Drajat Warga Yogyakarta dan studi kepustakaan. Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan, prosedur pelaksanaan pembiayaan murabahah yang dilakukan di BPRS Bangun Drajat Warga Yogyakarta telah berjalan dengan baik dan sesuai dengan prinsip syariah berdasarkan Fatwa DSN-MUI No.04/DSN-MUI/IV/2000 tentang Murabahah. Risiko yang dihadapi oleh bank tersebut dalam pembiayaan murabahah adalah risiko kredit atau juga disebut risiko gagal bayar yang menyebabkan meningkatnya Non Performing Financing (pembiayaan bermasalah) dan menurunkan tingkat pengembalian pembiayaan nasabah. Nilai NPF pada BPRS Bangun Drajat Warga selama periode tahun 2012 sampai dengan tahun 2016 berada di angka 2%-6%. Berdasarkan SE Bank Indonesia No. 9/24/DPbS Tahun 2007 nilai NPF tersebut digolongkan dalam kriteria cukup sehat. Hal tersebut menjelaskan bahwa, permasalahan pembiayaan bermasalah yang dihadapi oleh BPRS Bangun Drajat Warga Yogyakarta berada dalam tingkat yang sehat dan tidak menghawatirkan. Non Performing Financing dan tingkat pengembalian pembiayaan pada BPRS Bangun Drajat Warga bersifat fluktuatif dari tahun 2012 sampai dengan tahun 2016. NPF murabahah mengalami penurunan ketika tingkat pengembalian pembiayaan murabahah mengalami peningkatan. Disaat tingkat pengembalian pembiayaan murabahah mengalami penurunan, maka akan mempengaruhi peningkatan nilai NPF murabahah.