Penelitian ini bertujuan untuk menguji faktor-faktor yang berpengaruh terhadap audit fee. Variabel independen dalam penelitian ini adalah karakteristik struktur corporate governance (komisaris independen, jumlah dewan komisaris, proporsi rapat komisaris, jumlah komite audit dan keahlian komite audit) dan struktur kepemilikan (kepemilikan institusional dan kepemilikan manajerial). Populasi penelitian ini adalah perusahaan manufaktur yang terdaftar di Bursa Efek Indonesia dan Bursa Efek Malaysia pada tahun 2014 dan 2015. Pemilihan sampel penelitian ini menggunakan metode purposive sampling, yaitu perusahaan yang menerbitkan annual report. Berdasarkan metode purposive sampling, jumlah sampel yang didapat adalah 42 sampel untuk Indonesia dan 49 sampel untuk Malaysia. Analisis dari penelitian ini menggunakan analisis regresi berganda dengan program SPSS 23.0. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa ukuran dewan komisaris berpengaruh positif terhadap audit fee sedangkan keahlian komite audit dan kepemilikan institusional berpengaruh negatif terhadap audit fee di Indonesia. Sedangkan di Malaysia tidak ada variabel yang berpengaruh signifikan terhadap audit fee.