Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kegiatan pembelajaran hafalan al-Quran para santri di Pondok Pesantren Al-Murtadlo Ponjong Gunungkidul. Selain itu skripsi untuk mengetahui perbandingan kemampuan mengingat santri dalam menghafal ayat al-Quran yang menggunakan dan tidak menggunakan metode brain based learning di Pondok Pesantren Al-Murtadlo Ponjong Gunungkidul. Berdasarkan hasil analisis data, kecepatan mengingat pada kelompok eksperimen dan kelompok kontrol keduanya mempunyai keseimbangan nilai yang sama, Akan tetapi berdasarkan pengaruh atau nilai signifikan , terdapat perbedaan nilai antara kelompok eksperimen dan kelompok kontrol.