Era reformasi di Indonesia telah melahirkan dilema, di satu sisi ada pengakuan dan penumbuhkembangan prinsip-prinsip masyarakat madani dan multikulturalisme, namun di sisi lain konflik-konflik horizontal bernuansa agama dan konflik vertikal antara kelompok agama dengan negara masih sering terjadi. Agak berbeda dengan awal tahun 2000-an yang ditandai dengan maraknya konflik antarumat beragama, lima (5) tahun terakhir kehidupan keagamaan lebih banyak ditandai dengan konflik internal umat Islam yang melibatkan kelompok sempalan, Ketidakharmonisan dan konflik kekerasan intrakomunal Islam berkembang meluas bukan hanya di berbagai daerah di Jawa, namun juga di luar Jawa seperti seperti antara Ahmadiyah di Kuningan, Lombok dan tempat lain, kasus Syiah di Situbondo dan Sampang, serta kasus penolakan kelompok Islam mapan terhadap keberadaan FPI di Kudus dan Kalimantan Tengah.. Di pihak lain, walau di berbagai daerah ada kelompok sempalan (khusus) namun tidak terjadi ketidakharmonisan dan konflik