Latar Belakang: Terapi hipotiroid kongenital belum terlaksana dengan maksimal karena keterbatasan program skrining. Hal ini mengakibatkan kejadian disabilitas intelektual karena hipotiroid kongenital tidak tertangani dengan baik. Diusulkan kedelai hitam yang mengandung antosianin dan isoflavon yang dapat menstimulasi perkembangan otak dan memori. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui pengaruh pemberian susu kedelai hitam terhadap memori spasial tikus hipotiroid kongenital. Metode: Eksperimental murni dengan rancangan post test controlled group design. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Fisiologi FKIK UMY. Subyek penelitian dengan 28 ekor tikus yang terdiri dari kelompok tikus normal, hipotiroid, normal diberi susu kedelai hitam dan hipotiroid diberi susu kedelai hitam. Hipotiroid kongenital dibuat dengan cara memberikan propiltiourasil 0,025% kepada induk bunting mulai hari 15 hingga postnatal hari ke 21. Pemberian susu kedelai hitam dosis 4,5 gram/200 gram tikus/hari selama 38 hari. Memori spasial diukur menggunakan Morris Water Maze pada hari ke 60 usia tikus. Analisis statistik menggunakan uji Annova dan Kruskal-Wallis. Hasil: Rerata waktu retensi memori paling kecil ditemukan pada kelompok tikus hipotiroid yaitu 17,37±6,09 detik dan paling besar pada kelompok hipotiroid diberi susu kedelai hitam yaitu 32,63±3,90 detik. Kelompok normal dengan rerata waktu 31,61±8,91 detik dan kelompok normal susu kedelai hitam dengan rerata waktu 30,66±8,97 detik menunjukkan waktu yang lebih besar dibandingkan kelompok hipotiroid (p<0,05). Rerata waktu kelompok hipotiroid susu kedelai menyamai kelompok normal dan kelompok normal susu kedelai hitam (p>0,05). Kesimpulan: Pemberian susu kedelai hitam meningkatkan memori spasial tikus hipotiroid kongenital.