Penelitian ini bertujuan untuk menentukan subsektor unggulan dari sektor pertanian dengan menggunakan kriteria pertumbuhan subsektor, penyerapan lapangan kerja, dan peningkatan daya saing. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu analisis Locatien Question (LQ) dan Analysis Hierarchy Process (AHP). Data yang digunakan berupa data sekunder dan primer yaitu data PDRB Kabupaten Banjarnegara dan Jawa Tengah tahun 2011-2015 dan data primer berupa persepsi ahli dari dinas terkait. Hasil analisis LQ menunjukkan bahwa Kabupaten Banjarnegara memiliki 10 sektor unggulan (1) Sektor Pertanian, Kehutanan dan Perikanan (2.18), (2) Sektor Pertambangan dan Penggalian (2.88) (3) Sektor Perdagangan Besar dan Eceran (1.11), (4) Sektor Transportasi dan Perdagangan (1.29), (5) Sektor Jasa Keuangan dan Asuransi (1.04), (6) Sektor Perusahaan (1.14), (7) Sektor Administrasi Pemerintahan (1.35), (8) Sektor Jasa Pendidikan (1.50), (9) Sektor Kesehatan dan Kegiatan Sosial (1.56), dan (10) Sektor Jasa Lainnya (1.48). Berdasarkan analisis AHP subsektor tanaman pangan merupakan sektor unggulan pertanian dan menggunakan tujuan kriteria pertumbuhan subsektor dengan kriteria alternative yaitu bahan baku, IPTEK, dan mutu tenaga kerja.