Indonesia dikenal sebagai tiga besar produsen singkong di dunia. Gunungkidul merupakan daerah penghasil singkong terbesar di Provinsi D.I Yogyakarta. Akan tetapi, penelitian karakterisasi agronomi berbagai varietas singkong Indonesia masih belum berkembang. Penelitian ini bertujuan untuk inventarisasi dan identifikasi berbagai varietas tanaman singkong (Manihot utillisima L.) yang ditanam tersebar di Gunungkidul. Lokasi penelitian dilaksanakan pada ketiga kecamatan di Kabupaten Gunungkidul melalui metode wawancara pada responden dan observasi karakter morfologi pada berbagai varietas tersebut. Data diambil dari pengamatan varietas singkong pada saat usia 3 bulan setelah tanam (bst), 6 bst dan saat panen. Hasil penelitian diperoleh sejumlah tiga puluh empat varietas tanaman singkong. Perbedaan berbagai varietas singkong dapat diidentifikasi lebih mudah berdasarkan karakter morfologi warna tunas apikal, warna tangkai daun, warna kulit terluar batang, warna kulit terluar ubi dan rasa ubi setelah dimasak. Di kabupaten Gunung Kidul, varietas Gatot Koco memiliki potensi hasil ubi yang paling tinggi.