Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pendidikan agama Islam dalam penanaman sikap toleransi kepada peserta didik di MA Ali Maksum Krapyak. Dalam penelitian ini yang akan diungkap adalah bagaimana sikap toleransi peserta didik, cara penanaman sikap toleransi dalam pembelajaran pendidikan agama Islam, serta faktor penghambat dan pendukung penanaman sikap toleransi. Penelitian ini termasuk penelitian kualitatif, dengan subjek penelitian adalah guru mata pelajaran Akhlak dan Qur’an Hadits serta peserta didik MA Ali Maksum kelas XI dan XII. Data dikumpulkan dengan wawancara, observasi dan dokumentasi. Pengumpulan dan analisis data bersifat interaktif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa (1) sikap toleransi peserta didik di MA Ali Maksum krapyak sudah bagus, penanaman sikap toleransi tersebut mereka dapatkan dari (a) kesadaran diri sendiri, (b) nasehat dan bimbingan guru, (c) teladan guru. (2) Cara penanaman sikap toleransi pada pembelajaran PAI adalah (a) dengan metode diskusi pada saat pembelajaran di kelas dan (b) adanya program-program pembelajaran di luar kelas, yaitu program pertukaran pelajar (AFS), bakti sosial, dan pengajian malam jum’at. (3) Faktor pendukung dan penghambat penanaman sikap toleransi kepada peserta didik yaitu faktor pendukung adalah kultur pondok pesantren dan sistem boarding school. Faktor penghambat adalah perbedaan latar belakang peserta didik sehingga mempengaruhi adaptasinya dengan lingkungan.