Masa reformasi Indonesia mulai sejak tahun 1998 hinggga berlangsung sampai sekarang, reformasi gerakan yang menghendaki adanya perubahan kehidupan bermasyarakat, berbangsa dan bernegara. Pelaksanaan otonomi daerah di era reformasi menjadi peluang dan tantangan bagi daerah dalam upaya meningkatkan kesejahteraan masyarakat, karena daerahlah yang lebih mengetahui aspirasi dan kehendak serta potensi yang dimiliki daerahnya. Metode Penelitian menggunakan deskriptif kualitatif. Lokasi penelitian di Pemerintah Kota Yogyakarta bagian Biro Organisasi Sekretariat serta DPRD Kota Yogyakarta. Sumber data yang dipakai menggunakan data primer dan sekunder. Teknik pengumpulan data yang digunakan pada penelitian ini adalah wawancara dan dokumentasi. Reformasi Struktur Organisasi Pemerintah Kota Yogyakarta telah mengacu pada Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah dan menghasilkan 1 Sekretariat Daerah, 1 Sekretariat DPRD, 1 Inspektorat Daerah, 21 Dinas Daerah dan 4 Badan Daerah. Besaran organisasi perangkat daerah Pemerintah Kota Yogyakarta lebih ramping dibandingkan dengan sebelum dilaksanakan restrukturisasi organisasi, hal ini telah sesuai dengan prinsip perampingan dalam birokrasi pemerintah daerah agar lebih efektif dan efisien. Faktor yang paling dipertimbangkan dalam reformasi struktur organisasi pemerintah Kota Yogyakarta berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah adalah faktor kewenangan pemerintah yang dimiliki oleh daerah dan sumber daya manusia. Sedangkan faktor yang paling tidak dipertimbangkan adalah faktor karakteristik. Reformasi Struktur Organisasi Pemerintah Kota Yogyakarta semakin efektif dan efisien dengan melihat data faktor apa saja yang membuat reformasi struktur organisasi yang dilakukan oleh Sekretariat Kota Yogyakarta Bagian Organisasi dan DPRD Kota Yogyakarta yang memiliki fungsi legislasi, walau masih ada beberapa hambatan, semua hambatan akan terus di evaluasi dalam 2 tahun sekali agar semakin terpenuhi pelayanan kepada masyarakat Kota Yogyakarta.