Akuntabilitas menjadi salah satu asas yang sangat penting yang harus ditunjukkan oleh Pemerintah Desa dalam pengelolan Dana Desa, akuntabilitas artinya mempertanggungjawabkan keberhasilan atau kegagalan terhadap sebuah pelaksanaan misi organisasi dalam mencapai tujuan-tujuan dan sasaran.Banyak penelitian yang mengungkap bagaimana proses pengelolan dana desa beberapa tahun terakhir, namun sebagian besar menunjukkan hasil yang rendah pada tingkat akuntabilitas pengelolan Dana Desa. Sehingga pelanggaran baik secara administratif dan penyalahgunaan dana yang beujung korupsi kerap terjadi di desa. Untuk mendorong akuntabilitas yang baik dibutuhkan upaya dari seluruh stakeholder terkait, dan model pengelolan yang efektif, efisien serta akuntabel. Penelitian ini mencoba mengungkap dan memetahkan model akuntabilitas pengelolan Dana Desa di Kabupaten Wonosobo yang berbasi Sistem Informasi Desa (SID) yaitu Aplikasi Mitra Desa. Jenis penelitian yang digunakan adalah deskriftif kualitatif, dengan teknik pengumpulan data menggunakan kuesioner, wawancara, observasi, dan dokumentasi.Hasil dari penelitian ini menunjukkan hasil yang baik mengenai akubtabilitas Dana Desa yang ada di Kabupaten Wonosobo.Hasil dari penelitian ini menunjukkan adanya model pengelolan baru Dana Desa melalui Aplikasi Mitra Desa secara keseluruhan dan pada setiap tahapannya, mulai dari perencanaan sampai dengan tahap pelaporan. Model Akuntabilitas yang ditawarkan dengan Aplikasi Mitra Desa juga diperkuat dengan website Kabupaten untuk menampung dan membuka data yang ada kepada masyarakat.