Masih terdapat banyak kekurangan dalam pengelolaan dana otonomi khusus di Papua salah satunya dari segi pengawasannya. Untuk itu penulis meneliti pelaksanaan pengawasan yang dilakukan oleh Dewan Perwakilan Daerah sebagai lembaga pemerintahan yang mempunyai kewenangan mengawasi otonomi khusus untuk mengetahui apakah benar kekurangan pelaksanaan otonomi khusus dari segi pengawasannya. Penulis menggunakan jenis penelitian normatif untuk mengkaji peraturan perundang-undangan yang berkaitan dengan kewenangan Dewan Perwakilan Daerah dan otonomi khusus Papua. Penulis juga menggunakan jenis penelitian empiris untuk mengkaji pelaksanaan pengawasan yang dilakukan oleh Dewan Perwakilan Daerah terhadap pengelolaan dana otonomi khusus Papua. Penulis menggunakan data primer berupa hasil wawancara dan data sekunder berupa bahan hukum primer, bahan hukum sekunder, dan bahan hukum tersier. Berdasarkan analisis yang telah dilakukan pengawasan yang dilakukan Dewan Perwakilan Daerah hanya berupa rekomendasi untuk disampaikan kepada DPR yang kemudian dari DPR disampaikan kepada Pemerintah. Penulis menyimpulkan bahwa pengawasan yang dilakukan oleh Dewan Perwakilan Daerah kurang efektif karena hanya berwujud rekomendasi saja dan penyampaian rekomendasi tersebut harus melalui DPR terlebih dahulu tidak dari Dewan Perwakilan Daerah ke Pemerintah langsung.