Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh balanced scorecard terhadap kinerja perguruan tinggi yang berfokus pada perspektif non financial. Pengujian ini menggunakan kinerja perguruan tinggi sebagai variabel dependen dan balanced scorecard sebagai variabel independen. Sampel yang digunakan adalah dosen dan karyawan pada Universitas Muhammadiyah Yogyakarta, Universitas Islam Indonesia, Universitas Ahmad Dahlan, Universitas Atma Jaya Yogyakarta dan Universitas PGRI Yogyakarta. penelitian ini menggunakan metode purposive sampling. Jenis data berupa data primer yang diperoleh dengan menyebar kuesioner. Berdasarkan proses penyebaran kuesioner diperoleh sampel 102 responden. Uji hipotesis pada penelitian ini menggunakan regresi berganda dengan menggunakan aplikasi software SPSS v.15. Hasil penelitian menunjukkan bahwa balanced scorecard yang berfokus pada perspektif non financial yaitu perspektif pelanggan, perspektif proses internal bisnis dan perspektif pembelajaran dan pertumbuhan berpengaruh posistif terhadap kinerja perguruan tinggi.