Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai yang ditanamkan oleh guru Pendidikan Agama Islam yang telah dirumuskan oleh sekolah dan mengetahui strategi dalam meningkatkan karakter serta mengetahui faktor penghambat dan pendukung Pendidikan Agama Islam berbasisi karakter di SMA Muhammadiyah Boarding School Bantul. Penelitian ini menggunakan kualitatif deskriptif dengan wawancara, observasi dan dokumentasi sebagai tekhnik pengumpulan data. Adapun subjek yang masuk dalam kreteria dipenelitian yaitu 2 guru Pendidikan Agama Islam, kepala sekolah dan siswa/i SMA Muhammadiyah Boarding School Bantul. Setelah data diperoleh, kemudian menganalisis dengan melakukan perbandingan dengan penelitian terdahulu. Hasil dari penelitian yang dilakukan yaitu: (1). Nilai karakter yang ditanamkan oleh guru Pendidikan Agama Islam yaitu: religius, jujur, toleransi, disiplin, kreatif ,mandir, demokratis, semangat kebangsaan dan Nasionalisme, menghargai presetasi dan peduli sosial, (2). Strategi guru Pendidikan Agama Islam dalam meningkatkan karakter siswa yaitu dengan: keteladanan, kedisiplinan, Pembiasaan dan Integrasi, (3). Faktor penghambat dan pendukung penanaman karakter ada dua, Internal dan Eksternal.pada faktor pendukung internal terbagi menjadi dua bagian yaitu fasilitas dan ektrakurikuler, sedangkan faktor pendukung eksternalnya terbagi menjadi dua: Orang tua dan lokasi sekolah yang strategis. Adapun faktor penghambat terbagi menjadi dua yaitu Internal dan Eksternal, di dalam faktor internal terbagi menajdi dua yaitu siswa dan guru, sedangkan dalam faktor eksternalnya tidak ada.