Penyakit kelenjar tiroid adalah suatu kelainan yang disebabkan oleh gangguan tiroid. Gangguan tiroid merupakan penyakit endokrin terbanyak kedua di dunia setelah diabetes. Sekitar 300 juta orang di dunia dilaporkan mengalami gangguan tiroid dan lebih dari 1.7 juta orang Indonesia berpotensi mengalami gangguan tiroid. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan prevalensi dan karakteristik gangguan tiroid di daerah pegunungan dan pantai. Metode: Jenis penelitian ini adalah deskriptif retrospektif. Data diperoleh dari rekam medik pasien dengan desain cross – sectional pada pasien gangguan tiroid di Puskesmas Turi, Sleman dan Puskesmas Srandakan, Bantul, Yogyakarta periode tahun 2014 - 2018. Analisis statistik untuk melihat perbedaan prevalensi dan karakteristik menggunakan uji Kruskall Wallis. Hasil: Pada penelitian ini menunjukkan bahwa terdapat perbedaan prevalensi antara Puskesmas Turi dan Puskesmas Srandakan (p=0,001). Terdapat perbedaan karakteristik jenis kelamin (p=0,05) dengan jenis kelamin terbanyak adalah perempuan di Puskesmas Turi (86.2%) dan Puskesmas Srandakan (76,4%). Karakteristik umur terbanyak pada kelompok umur 20-44 tahun di Puskesmas turi (39%) dan Puskesmas Srandakan (39.8%). Pada pasien di Puskesmas Turi sebagian besar terdiagnosis goiter non toksik yang tidak spesifik (40,7%). Sedangkan pada pasien di Puskesmas Srandakan sebagian besar terdiagnosis tirotoksikosis (35.8%). Kesimpulan: Terdapat perbedaan prevalensi dan karaktersitik jenis kelamin pada kasus gangguan tiroid di daerah pegunungan dan pantai.