Penelitian ini bertujuan untuk menguji pengaruh information system terhadap supply chain relationship dengan logistics service quality sebagai variabel mediasi pada pelanggan JNE di Yogyakarta. Metode pengambilan sampel yang digunakan pada penelitian ini adalah non probability sampling yaitu dengan teknik purposive sampling. Jumlah sampel yang digunakan dalam penelitian ini berjumalah 160 responden yang berusia 18 tahun keatas dan memiliki karakteristik berdasar pekerjaan yang kompleks. Data pada penelitian ini dikumpulkan melalui metode survey dengan menggunakan kuesioner secara online. Teknik analisis data kuantitatif dalam penelitian ini menggunakan model persamaan struktural dengan bantuan software Amos 24. Hasil dari penelitian ini membuktikan bahwa information system secara langsung tidak memiliki pengaruh yang signifikan terhadap supply chain relationship, namun secara tidak langsung memiliki pengaruh positif dan signifikan terhadap supply chain relationship melalui logistics service quality sebagai mediasi.