Penelitian ini bertujuan untuk menguji pengaruh kompetensi aparatur, whistleblowing, sistem pengendalian internal, dan budaya organisasi terhadap pencegahan fraud dana desa di Kabupaten Bantul. Penelitian ini merupakan penelitian kuantitatif. Populasi pada penelitian ini adalah desa-desa yang berada di Kabupaten Bantul yang berjumlah 75 desa pada 17 kecamatan. Metode pengambilan sampel dengan Teknik Slovin dan tingkat kelonggaran ketidaktelitian 10%. Kemudian dilakukan perhitungan teknik proporsional random sampling. Hasil perhitungan menunjukkan sebanyak 43 desa dari seluruh jumlah populasi. Data yang digunakan yaitu data primer. Data diperoleh dari penyebaran kuesioner. Teknik analisis data menggunakan analisis regresi berganda dengan Program SPPS versi 15. Hasil penelitian menunjukkan bahwa budaya organisasi berpengaruh positif dan signifikan terhadap pencegahan fraud, sedangkan kompetensi aparatur, whistleblowing, dan sistem pengendalian internal tidak berpengaruh terhadap pencegahan fraud dana desa di Kabupaten Bantul.