Pelaksanaan penyelesaian sengketa pegawai negeri sipil (PNS) melalui Pengadilan Tata Usaha Negara (PTUN) Yogyakarta setelah berlakunya Undang-Undang Nomor 5 Tahun 2014 tentang Aparatur Sipil Negara (ASN) merupakan salah satu cara seorang PNS dalam membela kepentingan hukumnya untuk mencari keadilan baginya. Dalam hal ini seorang PNS dengan diberlakukan Undang-Undang a quo harus menempuh upaya administratif terlebih dahulu sesuai amanat yang tercantum dalam Pasal 129 Undang-Undang Nomor 5 Tahun 2014 tentang Aparatur Sipil Negara, secara lebih spesifik yang harus dilakukan PNS agar dapat mengajukan gugatannya ke Pengadilan Tata Usaha Negara (PTUN) Yogyakarta yaitu menempuh upaya keberatan administratif, sehingga sengketa tersebut dapat menjadi kewenangan PTUN Yogyakarta. Namun PTUN Yogyakarta dalam mengadili sengketa PNS pada tahun 2018 seolah-olah mengesampingkan Undang-Undang Nomor 5 Tahun 2014 tentang ASN, sehingga dalam mengadili sengketa PNS tersebut bermuara pada Undang-Undang Nomor 30 Tahun 2014 tentang Administrasi Pemerintahan. Maka pada tahun 2019 dengan diterbitkannya Peraturan Mahkamah Agung Nomor 6 Tahun 2018 tentang Pedoman penyelesaian sengketa administrasi pemerintahan setelah menempuh upaya administratif dalam mengadili suatu sengketa PNS telah sesuai dengan amanat Undang-Undang Nomor 5 Tahun 2014 tentang ASN. Dengan demikian suatu pelaksanaan penyelesaian sengketa PNS di PTUN Yogyakarta ini mengalami beberapa faktor penghambat yang secara praktik di persidangan yaitu faktor para pihak, saksi, hakim, putusan, faktor masyarakat, dan faktor kebudayaan