Blok Penyakit Endemik merupakan blok pertama tahun kedua dari kurikulum blok PBL Program Studi Pendidikan Dokter Gigi Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan UMY. Blok Penyakit Endemik ini terdiri dari satu modul yaitu modul Penyakit Endemik. Terdapat beberapa bentuk kegiatan pembelajaran di dalam blok ini yaitu small group discussion (tutorial), perkuliahan pakar, skills lab, dan praktikum. Secara umum, isi blok ini memuat konsep dasar epidemiologi, parasitologi, penyakit kulit dan kelamin, penyakit-penyakit endemik secara umum yang sering terjadi di masyarakat serta proses terjadinya karies gigi. Blok Penyakit Endemik bertujuan memberikan pengetahuan dan ketrampilan dasar dalam pengelolaan pasien dengan kelainan sistemis yang bermanifestasi di rongga mulut, serta memberikan pemahaman mengenai prinsip pelayanan kesehatan gigi dan mulut yang holistik dan komprehensif.