UMY telah resmi melanmtik rektor yang baru periode 2016-2020 Dr Ir Gunawan Budiyanto, MP menggantikan rektor sebelumnya yaitu Prof Dr Bambang Cipto MA, berdasarkan keputusan pimpinan pusat muhammadiyah 21 Desember lalu. Pelantikan tersebut dilakukan oleh ketua majlis pendidikan tinggi (Dikti) Prof Lincolin Arsyad dan disaksikan langsung oelh ketua umum PP Muhammadiyah Dr H Haedar Natsir MSi di ruang sidang AR Fachrudin B lantai 5 kampus Terpadu UMY.