Pemerintahan desa yang menerima dan mengelola uang pemebrian dari Pemerintah Pusat maupun Pemda serta uang dari PAD harus mempertanggung jawabkan kepada publik maupun kepada pemerintah diatasnya. Hal ini bisa diwujudkan manakala fungsi administrasi di Pemerintah Desa dapat berjalan dengan baik. Untuk dapat menjalankan fungsi administrasi Pemerintah desa yang baik diperlukan personil atau SDM yang memiliki integritas , loyalitas, serta kompetensi untuk pekerjaan administrasi Pemerintah tersebut, dimana administrasi pertanggung jawaban keuangan Desa termasuk didalamnya. Sementara itu organisasi Pemerintahan Desa para perangkatnya tidak memiliki status kepegawaian yang jelas serta tidak memiliki jenjang karir dan penghasilan yang pasti. Hal ini yang oleh Pemerintah Pusat dinilai sebagai hambatan atau persoalan dalam pemberian hak otonomi kepada Pemerintah Desa.