Bisnis online sudah menjadi tren di Indonesia, pelaku bisnis online berasal dari berbagai kalangan. Dikarenakan, bisnis online tidak banyak memakan waktu dengan begitu persaingan dalam bisnis penyedia jasa pengiriman semakin ketat. Kepuasan pelanggan dibentuk untuk menciptakan loyalitas pelanggan. Pada penelitian ini memilih loyalitas pelanggan untuk menyajikan perilaku pelanggan aktual sebagai konsekuensi dari kinerja eservice quality dan citra merk. Tujuan utama dari penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan antara e-service quality dan citra merk terhadap loyalitas pelanggan, dimana kepuasan pelanggan sebagai pemediasi dengan fokus pada pelanggan JNE di Yogyakarta. Metode penelitian ini adalah dengan survei langsung ke pelanggan yang bersangkutan. Dilakukan uji reliabilitas dan uji validitas instrument servqual. Responden penelitian ini terdiri dari 162 pelanggan. Data yang terkumpul dianalisis dengan metode SEM AMOS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa: 1) e-service quality berpengaruh positif dan signifikan terhadap loyalitas pelanggan; 2) citra merk berpengaruh positif dan tidak signifikan terhadap loyalitas pelanggan; 3) e-service quality berpengaruh positif dan signifikan terhadap kepuasan pelanggan; 4) citra merk berpengaruh positif dan signifikan terhadap kepuasan pelanggan; 5) kepuasan pelanggan berpengaruh positif dan signifikan terhadap loyalitas pelanggan; 6) kepuasan pelanggan memiliki peran sebagai pemediasi antara e-service quality terhadap loyalitas pelanggan; 7) kepuasan pelanggan memiliki peran sebagai pemediasi antara citra merk terhadap loyalitas pelanggan.